时间进入1659年的十月，天下形势又发生了诸多变化。
西南战局那边，清军已兵不血刃的占领了昆明，并乘胜追击，几乎全取了云南之地。
当去年明军全线溃败，李定国下令放弃贵州的时候，已经估计到清军必然乘胜向云南推进，明军不可能保住昆明，
1658年十二月初九日，他派使者向永历帝报告清军势大难敌，奏请上当移跸，以避清人之锋。
永历朝廷自建立之始，有如一叶扁舟随风飘泊。
移驻安龙时，虽然比较稳定，但实际上是处于孙可望的挟制之下，苟且偷生。
直到1656年（永历十年）移居昆明以后，永历帝才算过上了比较安定的日子，朝廷各衙门开始恢复正常工作秩序。
而云南的百姓从1647—1648年大西军平定全省后，生活稳定安乐。
然而，好景不常，前方兵败的消息传来后，立即在朝野上下引起巨大震动。
李定国建议移跸，在朝诸臣对于放弃昆明以后朝廷移往何处有不同意见，一部分人主张迁往四川，另一部分人则主张向西逃窜。
其中，绕道入蜀的主张得到了绝大多数文武臣子的拥护，
因为到了四川后，不仅有夔东十三家可为强援，更能走水路顺流而下，前往南京！
此时，郑军北伐大获成功的惊天大事，这个时候也在兜兜转转后，终于传到了永历朝臣的耳中。
众人自是无不欣喜若狂，觉得朝廷若是能重返南京，那可真是太祖显灵了，大伙的日子也将好过许多，不再像现在这样朝不保夕了。
永历帝也认为这一方案很好，让翰林院的刘讲官依据地图指明移跸途径，又派锦衣卫官丁调鼎去征求李定国的意见，李定国也赞成了这个方案。
然而却有另一部分朝臣，却出于种种考虑反对移跸四川，其中就以文安侯马吉翔，及其弟马雄飞、女婿杨在为首。
此时，四川还有东阁大学士文安之在四川总督川、湖诸处军务，负责联络川鄂边境的夔东十三家抗清，
文安之素有贤名，敢于谏言，马吉翔担心去了四川后，此人必来迎驾，到时文臣肯定会以他为首，马吉翔的日子能好过？
于是马吉翔同其弟、女婿商议后，当天晚上就去同金维新商量如何说服李定国改变主意。
金维新是云南人，长期担任李定国的幕僚，备受亲信。
他本来就不愿意朝廷从自己的家乡迁走，又因曾同镇守四川建昌的总兵王偏头为争夺一位美女闹过纠纷，担心转入建昌后将遭到王偏头的报复。
因此，他也同意马吉翔等人的密议，对李定国施加影响。
1658年十二月十五日，永历帝率领文武百官离开昆明，同日到达安宁。
临行之前，李定国传谕百姓：
本藩在滇多年，与尔人民情均父子。今国事颠危，朝廷移跸，势难同尔等偕行。恐清兵一至，杀掠淫污，猝难逃避，尔等宜乘本藩未行时，各速远遁，毋致自误。
昆明百姓知道大祸临头，城内城外哭声鼎沸，不少人扶老携幼随军向西逃难。
李定国同白文选商量，准备在朝廷和军民撤退以后把昆明一带的仓库储存粮食烧毁，以免资敌。
永历帝却以恐清师至此无粮，徒苦我百姓为理由，传出旨意不要烧毁。
这种妇人之仁在军事上显然是失策的，贵州地瘠民贫，清军沿途筹粮已极为困难；
明军在主动放弃昆明等云南迤东地区时，如果按计划实行坚壁清野，清方大军云集，粮秣匮乏，即便勉强立足，也难以乘胜直追。
洪承畴后来在一份奏疏，也谈到虽然刚入滇时十分艰难，但是：
所赖王师驻省城，征南将军大兵驻宜良，俱有得获贼遗粮米所以二路大兵得支至今九月方完，不待用银买运，计节省银数甚多。
可见，留在昆明、宜良的粮食竟供应了入滇清军半年以上的食用，结果是养肥了敌军，拖垮了自己。
永历朝廷的放弃昆明，很难说是一次有组织的撤退。
清军是在永历帝离开昆明之后半个多月，才进入该城的，永历朝廷完全有时间召集文武大臣仔细研究战守机宜。
可是，事实却表明永历撤离昆明时，就已经陷入一片混乱之中。
清朝末年在昆明五华山出土了永历皇帝的玉玺敕命之宝，这颗玉玺被砸成两半扔下，说明朱由榔等撤离时的慌乱匆迫。
放弃昆明以后，庆阳王冯双礼、广平伯陈建、武功伯王会、延安王（艾能奇）长子艾承业率部向四川建昌转移。
1659年正月二十日，永历帝等从楚雄出发，二十四日到达赵州。
这时，清兵已逼近交水，
李定国在二十一日领兵撤出昆明，金维新把自己同马吉翔商妥的意见向定国报告，
金维新也不知说了什么，李定国竟然真的被他说服，改变了主意，决策向滇西撤退，派行营兵部侍郎龚应祯赶到赵州，请永历帝前往永昌。
当文官武将听说朝廷变更了方针，由入川改为西撤，不少人都感到大为惊愕。
现在冯双礼、陈建、王会、艾承业等已先行率部北入四川，李定国却护卫着永历帝西撤，这这怎么看都有种分道扬镖的感觉。
不少人猜测，四川是蜀王刘文秀经营过的地方，而冯双礼等人又是蜀王收编的秦军，因此李定国才不愿去四川，免得受人掣肘
但不管如何，这着实是让许多朝臣措手不及，也对前途产生了迷茫。
明眼人都看得出，滇西人口稀少、极为落后，兵、饷来源实在有限，去了那里能有什么作为？
相比之下，去四川虽然危险重重，但至少是有希望的。
因此很多人都不愿一同前去，如吏部尚书张佐宸与少詹事汪蛟逃入大理府山中；
兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、左佥都御史钱邦芑等行至永平县时改名换号，躲入山中，待时局稍定后，便乔装打扮，寻路千里赶赴南京
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