190年正月末，许琛成功说服边让，将太守一职让给许琛，许琛接管九江郡两万兵马。
二月，董卓开始挟持献帝，驱赶洛阳百姓迁都长安，并一把火烧了洛阳都城。
三月，董卓杀了袁隗灭了袁绍全族。
同月，许琛收到袁绍回信，同意许琛加入联盟，讨伐董卓。
四月中旬，许琛带着荀彧，徐晃，廖化等人，率领两万大军，浩浩荡荡的前往司州酸枣县，参与袁绍会盟，讨伐董卓。
九江郡留下周瑜，鲁肃等人坐镇，并在九江郡大肆招兵买马。
六月，扬州西南有一支多达五万人的黄巾军，突然袭击了豫章郡。
豫章郡被攻陷后，太守被杀，将士被软禁。
随后黄巾军东进，杀入会稽郡。
周瑜、鲁肃得知消息，与吴郡太守盛乾，丹阳郡太守吴景共同派兵前往会稽郡支援。
岂料，庐江郡东南突然又杀出一支极具规模的黄巾军，突袭了丹阳郡，太守吴景被杀，将士投降。
随后，黄巾军再次杀入庐江郡。
一时之间，扬州大乱。
七月，周瑜带领将士夺回会稽郡，任命周昕为会稽郡守。
随后折返回丹阳郡，击败镇守的黄巾军，并且将黄巾军成功收编，任命蒋钦为丹阳太守。
八月，周瑜再次打败庐江郡的黄巾军，解救出原庐江郡镇守将士，任命王超为庐江郡太守。
至此，扬州大乱彻底结束。
扬州百姓感恩戴德，强烈拥护许琛再次成为扬州牧。
九月底，许琛成功在酸枣县与袁绍会盟。
袁绍作为盟主，念及许琛早年间在扬州的威望，特封许琛为扬州牧，联盟成员无人反对。
至此，勃海太守袁绍、后将军袁术、冀州牧韩馥、豫州刺史孔伷、兖州刺史刘岱、河内太守王匡、陈留太守张邈、广陵太守张超、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信、奋威将军曹操、扬州牧许琛，共十三路兵马参与讨伐董卓。
随后，袁绍让许琛带兵前去弘农郡，与即将北上的袁术，孙坚大军汇合，共同攻打董卓。
许琛没有反驳，向袁绍提出粮草不足，需要供给，袁绍大方的给了许琛。
领到粮草后，许琛带领大军浩浩荡荡的出发了。
只是，他并没有按照袁绍给他的路线行径，而是在到达白马附近后，命廖化带领三千兵卒继续前往弘农郡，自己则悄然调转兵马，折回到冀州境内潜伏。
一直到191年冬天之前，许琛让部下兵卒脱去本部军服，换上便装，在冀州境内寻找黄巾军的踪迹，有一波讨伐一波，招降后让徐晃负责训练，一直充实着自己部下兵卒的实力。
191年冬，公孙瓒与袁绍，在界桥展开交战前，许琛以徐晃之名书信于公孙瓒，想要跟他联盟，共同攻打袁绍，公孙瓒坦然接受。
其后，许琛让徐晃带领三万兵卒，前往界桥援助公孙瓒，并告知徐晃破敌之策。
结果，公孙瓒大胜袁绍，袁绍退出冀州之争，公孙瓒稳坐冀州。
为感谢徐晃的援助之恩，公孙瓒封徐晃为兖州刺史，徐晃接受后在兖州大肆招收兵马，并秘密输送至扬州，交由周瑜管理。
自始至终，许琛始终没有在公孙瓒面前露面，所有事情都让徐晃出面。
随后，许琛率领剩下的万余兵卒，再次折返至鲁阳，援助孙坚，抵抗董卓。
因为有许琛的介入，孙坚与董卓首次交战，大获全胜，还斩杀了董卓手下悍将——华雄。
不久，董卓亲自带兵与孙坚交战，结果是惨遭孙坚重创，于是董卓留下吕布掩护，自己转守渑池和陕城。孙坚继续率兵进攻洛阳，与吕布交战，吕布最终不敌而败走，孙坚大军就进入了洛阳。
孙坚入城，见市井破败，丝毫不见炊烟，不禁潸然泪下，又见汉室宗庙、皇家陵寝也被董卓拆的七零八落的，于是进入洛阳的孙坚就派将士修缮清扫宗庙，并举行祭祀，然后还把汉室陵园也都修整了一番，又把街道清理打整了一边。
许琛在孙坚清扫洛阳之际，直接带人前往洛阳城南寻找玉玺，还真让他找到了。
许琛思索再三，将玉玺交给了袁术，跟袁术交还了三万兵马，以及钱财粮草军备等物资，并与袁术缔结盟约。
随后，许琛借由返回扬州。
回到扬州后，许琛让徐晃撤出兖州，秘密返回扬州，并假借徐晃之手，秘密书信给讨伐董卓的各镇诸侯，玉玺在公孙瓒手上，且公孙瓒与袁绍议和，并拉拢曹操，想要自立。
之后，又以孙坚之名，再次将祸水引到袁术身上。
一时之间，整个局势彻底被许琛搅的一团乱。