又或者是真的只是为了维护道统，自认忠君爱国的他选择了直接上书皇帝，请求禁绝天主教。
在此疏中，沈?首先指出传教士们入华未经法定程序审查。
违反了明帝国的关禁之律，犯夷夏之防。
接下来又老调重弹天主教在意识形态和学术观点上与在中土被奉为至尊的儒教和民间尊崇的佛教是如何地势不两立。
他又指责居留北京的庞迪峩、熊三拔和在南京活动的王丰肃、阳玛诺等传教士“广有赀财，量人而与”，
是为了笼络民心，图谋不轨，将这些番僧比作安禄山、刘渊、石勒等辈。
沈?最后请求兵、礼二部会同审议，如果情况属实，请按《大明律》处置教众，以保国家万年太平。
不过这样一封言辞激烈的奏疏送达御前后不久就和其他奏牍一起淹没在留中文书的海洋之中，并没有引起神宗皇帝的关注。
六月份，礼科给事中余懋孳也提交了一份内容相似的奏疏，请求“辟异教、严海禁”。
同样落得个“不报”的结果。
接下来两个月北京朝廷也没有下达任何相关的指示。
反倒是消息灵通的入教士大夫杨廷筠先收到了风声，一面请朝中友人从中说情，一面亲自致信沈?为天主教辩解。
时任左春坊、左赞善兼翰林院检讨的入教官员徐光启听到沈?上疏的消息也坐不住了。
连忙放下在天津的屯田工作，写成《辩学疏稿》上呈皇帝，为庞迪峩等人辩诬，力赞这些教士“实皆圣贤之徒也。
其道甚正，其守甚严，其学甚博，其识甚精，其心甚真，其见甚定”，建议皇帝如果不相信这些番僧。
可以命令他们断绝和母国的联系，生活所需由中国商人提供，同时用连坐法监察他们。
一向视公文如毒物的万历皇帝倒罕见地在这封无关痛痒的奏疏上批了“知道了”三个字，然而并没有明确表态。
与此同时，在北京的庞迪峩、熊三拨等人也从奉教官员那里知道了沈、余上书弹劾天主教众的消息。
急于辩解的他们也在七月初写了一篇洋洋洒洒六千多字长的揭帖，一封直达御前。
一封在京师各地广为散发，正面反驳沈?的种种指控，企图引起舆论同情。
不过令庞、熊二人没想到的是，这封揭帖不但未能为自己脱身，反而给了沈?等人一个新的攻击点，此乃后话。
不过沈?等欲置南京天主教众于死地的官员可没兴趣与杨、徐等人打口水仗。天籁小说网
也没耐心等待皇帝不知猴年马月才能下达的指示。
他们决定先斩后奏，在洋和尚们反应过来以前将他们一网打尽。
七月二十日，西历1616年8月31日傍晚，夏末的太阳渐渐地淹没在大地的深处。
南京的神父王丰肃、谢务禄前面提到的阳玛诺神父已前往广东。
和教友们如往常一样安静地准备着晚祷。
忽然，留都的大街上出现了大队全副武装的兵马，在途人惊异的目光中，他们很快将教士们居留的房屋包围得水泄不通。
直至东方初露鱼肚白之时，队伍才中出来了三个军士进入教士们的居所。
礼貌地传达了朝廷对他们的逮捕令并把屋里屋外的一切物品详细搜查并予以登记。
王、谢二人对这突如其来的搜捕并不感到意外。
他们在之前就已经对沈?等人的行动有所耳闻。
在南京军队开动的前一天，教士们已经从北京来的信使和兵部官员口中知道了留都衙门要对天主教众采取行动的消息。
王、谢二人了解后就到教堂做了忏悔和献祭，将堂内的贵重物品收拾好寄存到一个基督徒的家中，然后平静地等待官兵到来。
这次下达逮捕令的人不是深居九重的万历皇帝，也不是发起教案的沈?，而是南京巡城御史孙光裕。
军士们清点完房屋里的东西并将其封存好后就用轿子把王丰肃“请”到监狱。
将身体抱恙的谢务禄暂时单独关押在一间空房子里。
直到第二天官兵才在沈?的再三催促下将谢神父押入大牢。
与此同时，南京当局也对与洋神父有关系的中国人进行逮捕。
在官兵抓捕的过程中，一位叫姚如望（教名john）的基督徒。
当着官兵的面手执黄旗，口称“愿为天主死”。
众位官差非常感动并把他抓回监狱审讯。
整场行动持续到八月，南京当局一共拘捕了24名教会相关人士。
里面有修士钟鸣礼、曹秀、钟鸣仁，有为教会做工的百姓。
还有被卖给神父的孩童，上至六十多岁下到十几岁。
这些天主教要儿童和别人养死士差不多，不安好心
随后籍贯遍及大江南北。
抓捕行动完成后，南京礼部于八月向城内百姓发布了一张告示，历数这些洋教“邪党”的罪行。
同时又申明不会伤及无辜，“只欲申严律令，解散其徒众耳”，请百姓放心。
这次由巡城御史孙光裕发起的拘捕行动让沈?颇有些意外，本来他想等待上峰命令再采取行动的。
以免予人话柄，现在既然生米已成熟饭，就只能顺驴下坡一路走到黑。
干你个驴熊。
你们这群不安好心的洋鬼子，就是为了坑害汉人百姓。
沈?随后又向神宗皇帝上了一封奏疏——《再参远夷疏》。
里面指控教士在南京洪武王冈、孝陵卫等陵寝重地私建房屋，聚众集会，遍传符咒歌谣，居心叵测。
后又质疑：自己五月初上奏、七月初才见之邸报的《参远夷疏》。
为何北京的神父七月初就已经知道且广发揭帖回应，二十一号就“已有番书订寄揭稿在王丰肃处矣”。
指出“狡焉丑类，而横弄线索于其间，神速若此，又将何为乎？”。
显示天主教徒已经在大明建立了一套属于自己邮政系统。
沈?最后再次催促皇帝“即下明旨，容臣等将王丰肃等，依律处断”，其他从犯如钟明礼等也一并处置。另一边厢则加紧对被捕教众的审讯。