众臣把李景隆暴打了一顿，火气稍消，方孝孺出主意说：“城中尚有劲兵二十万人，城高池深，粮食充足。应该把城外居民尽驱入城内，并把城外木材全部抢运入城，使得燕兵无攻城之具，日久就会自行撤离。”
建文帝听从，这样一来，在盛暑季节，老百姓在毒日头下搬运巨木，饥渴劳苦，死伤无数。大家为躲避拆毁自家房屋后运送房屋梁木入城的苦差事，许多人自己纵火烧屋，大火连日不息。
屋漏偏逢连夜雨，船漏又遭顶头风。好好的金陵城，东北角和西南角又无故崩塌，朝廷下忙派兵民抢修，怨天愁地，上下官民都昼夜不得休息。
在仓惶无计之下，建文帝一拨又一拨地派李景隆和诸位王爷出城，乞求燕王朱棣退兵，答应割地中分天下。朱棣当然不会退兵，一口咬定要逮捕奸臣，诸王个个碰了软钉子而回。
建文帝会见群臣，当众恸哭，有人劝建文帝逃往蜀地，有人劝逃往浙江，有人劝逃往湖湘，意见纷纷，莫知所之，最早立议削藩的齐秦、黄子澄都早先出外募兵。至此建文帝一筹莫展，天天长吁短叹，恨恨地说道：“事出都是因为你们，而今你们都弃我而去。”
燕王朱棣害怕四方勤王的军队来到，便派军队诸将日夜研究攻城的计略，想要尽快结束战斗。哨探侦知金川门是李景隆所把守，朱棣便率先派军攻打，燕军一到，李景隆与谷王朱惠马上大开城门投降。以兵部尚书茹瑺为首的数十个望风转舵的建文帝臣子也都纷纷投降，叩请朱棣称帝。
李景隆是朱元璋重臣李文忠之子，李文忠是朱元璋的亲外甥，连李景隆的名字都是朱元璋所起的。此人相貌堂堂，眉目疏秀，顾盼伟然，其实是个绣花枕头的美男子。他先前丢盔卸甲亡掉了八十万军队，建文帝对他也没有加以诛杀，危难关头，他不仅不以死报，反而首先开城门投降朱棣，此人的品性也真的是至差至衰。
朱棣即位后，李景隆得授奉天辅运推诚宣力武臣，增岁禄千石。朝廷每有大事发生，他还站在班首主持政议，为此诸功臣皆不平。永乐二年，朱棣的兄弟周王告发李景隆在建文朝时强向自己索贿一事，不久又有人告发他蓄养亡命，谋图不轨。毕竟是姑表亲，朱棣不忍加罪，只是削夺他的勋号，以公爵身份归家停职。
又过些时日，有大臣弹劾李景隆在家坐受阁人伏谒如君臣礼，大逆不道；李景隆之子李增枝多立庄田，蓄童仆成千，意图叵测。朱棣这才下旨把李景隆父子连同家眷全部软禁，没收全部家财。老哥们耍赖皮闹绝食，十几天不死，也就又继续苟延残喘下去，在寂寞荒凉之下，直到永乐末年才病死。
建文帝惶急，逊国而去。建文帝逊国是中国历史一大谜团，宫中起火，建文帝不知所终。但是朱棣发现帝后的尸体在火中，超过八天才埋葬他们，自己单方面宣布建文帝已经被烧死。但是他称帝之后，仍然不放心建文帝，怕那尸体是别人，生怕这位侄子还活着日后东山再起，派人四处寻找。
郑和自永乐三年起数次下西洋，表面上是宣示大明国威，一路挥霍金银无数，实际上最重要的目的只有一个，就是为了探访建文帝的下落。当然七下西洋，诚为中华征服海洋的壮举，据说美洲也是郑和首先发现的，比哥伦布还要早。估计朱棣和郑和谁也没想到为了寻访一个小皇帝下落的壮举会带出日后那么多大动静来。
建文帝嫡孙承袭正统，居正朔之位，竟然败于起兵反叛的藩王之手，实在是中国历史上一个非常出人意料的结局。
建文帝柔仁，燕兵将皆勇战骁勇之辈，建文帝竟于大战前下明诏莫伤害朕之叔父，不明之至，致使朱棣多次绝处逢生，假使明军在战场上能擒贼先杀王，燕军早就冰销败亡。
黄子澄、齐泰、方孝孺皆为书生，苍促实行削藩之计，不知战事，也没有什么大的战略眼光，以致于误已误国，最后招致灭族惨祸。
单用一将统帅军队，耿炳文一人统帅三十万军；李景隆两次败北，一战统帅五十万军，一战统帅三十万军；盛庸一人统帅二十万军，明军合天下之兵，握一人之手。反观朱棣，单旅孤城，利于战不利于守，利于合不利于分。如果当初下令山东、河北诸将各拥众数万，凭城坚守，年深日久，以叛臣贼子起兵的朱棣胜一仗败两仗，又一直逡巡在河北、山西狭窄地带，熬过一阵熬不过两阵，军队人心最终会轰然瓦解。
建文帝彷徨不决，总在关键时刻犯下致命的错误。如果当时朝廷不招徐辉祖回金陵，而是让他留在原地与徐福合击燕军，很可能挽转整个战场形势，给已经是强弩之末的燕军以致命的最后打击。
纵观整个龙虎斗的过程，建文帝一方除了盛庸、平安外有些智勇外，似乎没有什么特别突出的大师之才。这也要归功于朱元璋，因为所有有智有勇有力的名将早已连子孙都被诛除干净，留下的全是三、四流的将领，自然不是燕王朱棣的对手。
朱棣入京后，立即揭榜悬赏捉拿黄子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾经向他通过风报过信的没老二的太监。
他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟，建文帝七岁太子朱文奎在乱中不知所终，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辩马牛，完全被禁锢成一个痴呆。
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书，朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下读书的种子，绝不可杀。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰桎白衣大哭于阙下。朱棣召他入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自焚而死了！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君。”
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”意思是说建文帝几个弟弟都已经成年了。
朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事情费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏告天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上面乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死就死吧，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎么能让你痛快一死，即使要死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我如何！”
此时朱棣已经皇位在座，顿时呈现出残暴的本性。他命令卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边，然后命人逮捕他九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮在方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟处死在聚宝门外，时年四十六岁。
方孝孺临刑前做绝命诗：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
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